TITULO: Fundamentals and Computational Methods for Genomic Prediction and Genome-Wide Association Studies (GWAS)

DESCRIPCION: Este curso abarca los fundamentos necesarios para realizar análisis genómicos utilizados en Mejoramiento Animal y
Genética con los programas BLUPF90 (Misztal et al., 2014).

IMPARTIDO POR: Daniela Lourenco y Matías Berman University of Georgia (EE.UU.)

LENGUA: Impartido en inglés

FECHA: 1 a 4 de Septiembre de 2023

LUGAR:  Universitat Politècnica de València.

              Departamento de ciencia animal (Edificio G7)

              AULA 1   Plano de situación

REQUERIMIENTOS: Conocimientos previos de genética cuantitativa y mejora genética. Se requiere traer Laptop

HORARIO:

     LUNES 1:         9:30 a 13:00  y 14:00 a 20:00

     MARTES 2:      9:30 a 13:00  y 14:00 a 17:30

     MIÉRCOLES 3: 9:30 a 13:00  y 14:00 a 17:30

     JUEVES 4:        9:30 a 13:00  y 14:00 a 17:30

MATRICULA:   50 € Alumno UPV, Personal UPV, Alumni UPV PLUS

                      250 € Estudiantes NO UPV

                      350 € Investigadores OPI NO UPV

                      500 € Profesionales de la Industria

Para matricularse, acceder a la siguiente dirección y seguir las instrucciones:

https://poseidon.cfp.upv.es/portal-formacion/alumno/gestion_matricula.jsp?cid=100396&idioma=es&secSig=198e296250d862a6a428312f803577245ef84ea96aec37aca809bbf742ed8dba

                                      PROGRAMA

LUNES 1

       1. Introducción a la familia de programas BLUPF90 para el análisis de modelos mixtos, incluyendo:
                    • Caracteres simples y múltiples
                    • Efectos maternos
                    • Modelos de repetibilidad
           a) Renumeración de conjuntos de datos: renumf90
           b) Estimación de valores genéticos y componentes de varianza (VCE): blupf90+
           c) Estimación de valores genéticos y VCE (enfoque bayesiano): gibbsf90+ 2.
           Ejercicios: Uso de los programas BLUPF90 con datos reales para modelos de caracteres simples y múltiples.
 

MARTES 2

       1. Introducción a los datos genómicos

           a) Historia del uso de datos genómicos

           b) Marcadores genómicos

           c) Estadísticas de datos genómicos

           d) Archivos genómicos

       2. Simulación de datos genómicos

           a) Datos simulados vs. reales

           b) QMSim para simulación de datos genómicos

       3. Introducción al entorno Unix y sus herramientas

      Ejercicio: Simular un conjunto de datos genómicos con QMSim y usar herramientas Unix para manipulación y análisis estadístico.

MIERCOLES 3

       1. Introducción a la Selección Genómica

       2. Teoría del ssGBLUP (GBLUP de paso simple)

       3. Creación y manejo de matrices de relaciones genómicas con preGSf90

       4. Control de calidad para datos de SNPs, relaciones genómicas y pedigrí

           a) Tasa de genotipado (call rate)

           b) Exclusiones parentales

           c) Distribución de diagonales y no diagonales de G

           d) Diferencias entre G y A22 ajustadas

           e) Autovalores/autovectores – estratificación poblacional

       5. Técnicas de validación para modelos genómicos

           a) Precisión de predicción con/sin validationf90

           b) Precisión de predicción vs. precisión teórica

      Ejercicios: Control de calidad de datos genómicos y uso de ssGBLUP con programas BLUPF90 en conjuntos de datos simulados.

JUEVES 4

       1. Estimación de efectos de SNPs a partir de modelos GBLUP y ssGBLUP

       2. Predicciones indirectas usando efectos de SNPs

       3. GBLUP y ssGBLUP ponderados

       4. Estudios de asociación genómica (GWAS)

      Ejercicios: Calcular efectos de SNPs con ssGBLUP, realizar predicciones indirectas para animales jóvenes y ejecutar ssGWAS (varianza explicada por SNPs y valores-p) con BLUPF90.